Ngành công nghiệp cà phê coi cà phê Robusta như một người chị em xấu xí của Arabica, cho đến khi xuất hiện các khám phá thú vị về di truyề học. Khi các nhà khoa họ bắt đầu sắp xếp trình tự gên, có thể thấy rõ ràng hai loài không phải chị em với nhau. Thay vào đó, có vẻ như Robusta là 'cha mẹ' của Arabica. Ở đâu đó thuộc miền nam Sudan, Robusta đã lai với loài khác gọi là Cofea euginoides và tạo ra Arabica. Loài mới này đã lan rộng và phát triển thực sự mạnh mẽ ở Ethiopia - nơi từ lâu được coi là quê hương của cà phê.
Tính đến thời điểm hiện tại, đã có 129 loài cà phê được xác định, chủ yếu là nhờ công sức của Kew Gardens ở London, phần lớn chúng trông rất khác với những cây và hạt cà phê mà chúng ta quen thuộc. Nhiều loài trong số này gọi là loài bản địa ở Madagascar, trong khi một số khác sinh trưởng ở Nam Á, thậm chí xa hơn nữa về phía nam, là ở Úc. Không có loài nào trong số này được chú ý về mặt thương mại vào thời điểm hiện tại, nhưng các nhà khoa học đang bắt đầu quan tâm nhiều hơn đến chúng vì một số lí do mà ngành công nghiệp cà phê đang phải đối mặt: sự thiếu đa dạng về si truyền học của những loài cà phê đang được trồng trọt hiện nay.
Cách thức mà cà phê đã lan tỏa đi khắp thế giới cho thấy rằng chúng ta có một loài cây trồng toàn cầu có chung tổ tiên. Có rất ít biến đổi trong cấu trúc di truyền học của cây cà phê, và điều này khiến ngành sản xuất cà phê toàn cầu đứng trước một mối nguy lớn. Một bệnh dịch tấn công một cây có thể tấn công tất cả các cây còn lại, giống như ngành rượu vang đã phải hứng chịu trước đó với Phylloxera, một loại rệp đã hủy diệt một lượng lớn câc ruộng nho trên toàn châu Âu vào những năm 1860,1870.